Pour mener à bien ses missions et atteindre ses objectifs, l’UIR adopte un modèle de gouvernance s’articulant autour de plusieurs organes et entités qui œuvrent à la réalisation de fonctions bien précises, tant au niveau académique et scientifique qu’au niveau du bon fonctionnement de l’Université.
L’UIR dispose d’une organisation administrative dont le rôle principal est d’assurer la qualité des services offerts aussi bien à ses étudiants et chercheurs qu’aux professionnels dans le cadre de la Formation Continue.
L’organisation de l’UIR comprend 3 Vice-Présidences , 5 Collèges et une Direction Générale
La Vice-Présidence Exécutive comprend la Direction de la Vie Etudiante, la Direction des Systèmes d’Information , la Direction Administration & Finances , la Direction Communication, la Direction Technique, la Direction de la Scolarité , la Direction du Capital Humain , la Direction des Achats & Logistique , la Direction des Affaires Juridiques et la Direction d’Hébergement.
La Vice-Présidence aux Affaires Académiques, regroupe la Direction Qualité et Évaluation et la Direction Programmes & Accréditations.
La Vice-présidence à la Recherche Innovation et Partenariats est en charge du développement de la recherche et de l’innovation et supervise les structures de recherche, la Direction de la Valorisation et des Transferts, ainsi que La Direction des Relations Internationales et des Partenariats.
Cette dernière direction comprend deux services, l’un dédié à la mobilité internationale entrante et sortante , alors que l’autre est dédié à la promotion et au développement des partenariats et des programmes internationaux.
L'UIR compte également 5 collèges , qui regroupent l’ensemble des établissements par discipline.
Le Collège Ingénierie et Architecture regroupe l’Ecole d’Architecture de Rabat, l’Ecole Supérieure d’Ingénierie de l’Energie, l’Ecole Supérieure d’Informatique et du Numérique, School of Aerospace & Automotive Engineering.
Le Collège Management est représenté par la Rabat Business School. Celle-ci est accréditée AACSB- label international des Business Schools.
Le Collège des Sciences de la Santé regroupe trois établissements, à savoir : La Faculté Internationale de Médecine de Rabat, la Faculté Internationale de Médecine Dentaire, l'Ecole Supérieure des Sciences Paramédicales de Rabat. Ce collège regroupe également une Clinique Universitaire de Médecine Dentaire et un Centre hospitalier Universitaire en cours de construction.
Le Collège des Humanités, Sciences Politiques, Juridiques et Sociales de l'UIR regroupe 4 établissemnts de formations à savoir: Sciences Po Rabat, l’ Ecole de Droit de Rabat, l'IHECS Afrique Communication & Média et L’ Etablissement Langues, Cultures et Civilisations.
En adéquation avec la politique du Gouvernement marocain, l’UIR a ouvert un Centre d’Etudes Doctorales (CEDoc) ou Ecole Doctorale pour la préparation et la délivrance du diplôme de doctorat et pour le renforcement de sa stratégie de recherche-développement et d’innovation (RDI).
De surcroît, une direction générale additionnelle figure dans l’organigramme de l’UIR jouent un rôle central qui est :
La Direction Générale de la Formation Continue (Executive Education) regroupe à son tour trois directions, notamment : la Direction Commerciale, la Direction des Executive Masters et des Certificats, ainsi que la Direction Conseil et Formation.